皇居の雑木林では、都会で最近見かけなくなったカブトムシが繁殖している。樹液を出すクヌギなどが多いこと、陛下の意向で倒木や切った枝をできるだけそのまま残していることから幼虫の餌となる腐った木が豊富にあるためである。この他にもツマグロヒョウモン、ミドリヒョウモンなどの蝶やヌタキなどもいる。ここは食べ物が豊富で人目につきにくく暮らしやすいようである。皇居の生物相調査では、動物3638種、植物1366種記録されている。