2005-2007年、岐阜・大向井譲教授らの研究班のメンバーは、岐阜や静岡の公園や山で、ヤマザクラ、オオシマザクラ、エドヒガンなど野生の桜、計216個の種子を集め、遺伝子を調査した。その結果、13％にあたる29個の種子からソメイヨシノの遺伝子が発見された。またソメイヨシノも別の桜の花粉で結実していた。反種子129個の約半数から、半径約200メートルにある桜の遺伝子が見つかった。ソメイヨシノの根元では、交雑した種子が芽吹いていた。今後、芽吹いた種が、子孫を残せるか調査する予定である。ソメイヨシノは園芸品種で、花の見栄えが良い、北海道から九州まで全国の公園や街路、河川敷などに植えられている。成長は早く、病気に弱い性質がある。ちなみに野生の桜は樹齢数百年のものもあるが、ソメイヨシノの寿命は60年程度と短いのである。向井さんは「今後、ソメイヨシノを、地域固有の野生桜が自生する地域に植える際は、注意が必要になるだろう」と話す。研究班代表の津村義彦・森林総合研究所室長によると、ブナも地域ごとで遺伝子に違いがあり、別の地域に植えると、気候が合わず、枝先が枯れやすくなることが分かったという。このため、ブナ、ヤマザクラなどで地域ごとに遺伝子型が違うことを地図で示し、適正な移植、緑化の方法を定めた指針案を作成する。移植ではその地域の株、種子を使うことなどを想定している。これらの結果は、3月に盛岡市で開かれる日本生態学会で発表する予定である。
